Mật nghị Giáo hoàng là sự tập hợp của các Hồng y để chọn một Giáo hoàng mới cho Giáo hội Công giáo La Mã. Đại học Hồng y chính là cơ quan tập thể của tất cả Hồng y trên toàn thế giới. Để ngăn chặn sự can thiệp, bế tắc cũng như âm mưu chính trị, các Hồng y phải hội đủ điều kiện được ẩn dật trong khu vực của Vatican, bao gồm Nhà nguyện Sistine (nơi diễn ra cuộc bỏ phiếu). Các Hồng y sẽ ở lại cho đến khi một Giáo hoàng mới được chọn. Nếu một Hồng y rời đi không phải vì lý do sức khỏe thì không được phép trở lại.
Năm 1378, một nhóm Hồng y đã chọn hai Giáo hoàng khác nhau
Các Giáo hoàng cư trú tại Avignon-Pháp, từ năm 1309 cho đến khi Gregory XI trả lại Rome năm 1376. Khi Ngài qua đời hai năm sau đó, đám đông giận dữ yêu cầu người kế vị tiếp theo là người Ý chứ không phải một người Pháp có thể quay trở lại Avignon. Các Hồng y ưng thuận, chọn Tổng Giám mục Bartolomeo Prignano - người trở thành Giáo hoàng Urban VI.
Nhưng khi tân Giáo hoàng tỏ ra đối đầu thái quá, gọi một vị Hồng y là đồ dở hơi và ra đòn với một vị khác, các Hồng y tuyên bố cuộc bầu cử không hợp lệ, họ tổ chức mật nghị thứ hai. Năm tháng sau, mật nghị diễn ra, quyết định lần này thuộc về Clement VII. Hai vị Giáo hoàng, một ở Avignon và một ở Rome. Cả hai đều tuyên bố là người lãnh đạo thực sự của nhà thờ, việc này đi xa đến mức làm phép “vạ tuyệt thông” cho nhau.
Một hội đồng được tổ chức tại Pisa năm 1409 đã tìm cách thu hẹp khoảng cách, nhưng nó chỉ thành công trong việc thêm vị Giáo hoàng thứ ba vào. Cuối cùng, tại Hội đồng Constance (ở nơi ngày nay là Đức), cả ba Giáo hoàng đều từ chức và bị phế truất. Chủ nghĩa phân biệt phương Tây như sự thất bại này đã được biết đến, kết thúc với sự bầu cử cho Martin V năm 1417.
Việc đến mật nghị từng là điều đặc biệt khó khăn đối với các Hồng y Hoa Kỳ
John McCloskey - Tổng Giám mục New York, cũng là vị Hồng y đầu tiên của Hoa Kỳ đã không đến Rome kịp thời gian dự mật nghị Giáo hoàng năm 1878. Các hồng y Hoa Kỳ sau này cũng gặp khó khăn tương tự, do sự đi chuyển chậm chạp của phương tiện thời kỳ xưa. Trong đó có Tổng Giám mục William O'Connell của Boston, người suýt bỏ lỡ cuộc bầu cử năm 1914. Quyết tâm không chịu chung số phận hai lần, O'Connell đã sắp xếp mọi việc trước.
Sau cái chết của Giáo hoàng Benedict XV vào năm 1922, Ngài liền bay từ Boston đến New York, lên một con tàu đến Pháp chỉ dành riêng cho Ngài, bắt một con tàu nhanh hơn đến Naples, nhảy lên một chuyến tàu tốc hành đến Rome và sau đó đi chuyển qua những con phố. Cuối cùng chỉ để phát hiện ra rằng mật nghị đã kết thúc.
Sau sự việc của O'Connell, khoảng thời gian chờ đợi bầu cử người kế vị tiếp theo trong việc qua đời hoặc từ chức của Giáo hoàng được tăng từ 10 lên 15 ngày, có thể kéo dài lên 20 ngày.
Chỉ những Hồng y dưới 80 tuổi mới được bỏ phiếu
Vào năm 1970, Giáo hoàng Paul VI đã hạn chế việc bỏ phiếu tại mật nghị đối với những vị Hồng y trên 80 tuổi. Điều này được cho là một cách xây dựng giới hạn nhiệm kỳ, ngăn người lớn tuổi phải đi đến Rome. Tuy nhiên, nhiều người trong đám đông hơn 80 tuổi vẫn xuất hiện, tham gia vào các cuộc họp trước mật nghị dành cho những vấn đề chuẩn bị và thảo luận về tương lai của nhà thờ.
Những lá phiếu của các Hồng y sẽ được đốt sau mỗi vòng bỏ phiếu
Cuộc bầu cử Giáo hoàng lâu nhất kéo dài gần 03 năm
Ở thế kỷ 13, những cuộc bầu cử Giáo hoàng diễn ra nơi vị Giáo hoàng cuối cùng qua đời. Những nhóm Hồng y họp tại thị trấn Viterbo của Ý. Họ phải mất 2 năm 9 tháng để có thể chọn ra người kế vị Đức Clement IV. Người dân thị trấn trở nên thất vọng vì sự chậm trễ đến mức dường như họ đã xé mái ngói của tòa nhà nơi các vị Hồng y đang ở.
Khi Giáo hoàng Gregory X cuối cùng được chọn vào năm 1271, Ngài muốn ngăn chặn tất cả điều tương tự như vậy xảy ra một lần nữa. Nên trong vòng một vài năm, Ngài đã thiết lập mật nghị, một hội nghị thượng đỉnh kín sẽ được triệu tập khi Ngài qua đời. Tại đó các Hồng y đều gần như là bị nhốt cùng nhau cho đến khi họ bầu ra Giáo hoàng mới. Do các quy tắc nghiêm ngặt của hệ thống này, mật nghị đầu tiên chỉ kéo dài một ngày và bị đình chỉ ngay sau đó.
Cho đến năm 2013, mật nghị Giáo hoàng chưa bao giờ chọn một Giáo hoàng từ bên ngoài châu Âu
Cho đến năm 2013, Đại học Hồng y chưa bao giờ bầu chọn một vị Giáo hoàng nào ngoài khu vực châu Âu. Đặc biệt người Ý đã được đại diện khá nhiều, giữ chức vụ không bị gián đoạn từ năm 1523 cho đến khi Đức John Paul II sinh ra tại Ba Lan phá vỡ kỷ lục này vào năm 1978.
Mặc dù hơn một nửa số Hồng y được bầu vẫn đến từ châu Âu, khoảng 75% trong số 1,2 tỷ người Công giáo trên thế giới sống ở nơi khác, gần 500 triệu người là ở Mỹ Latinh. Năm 2013, Jorge Mario Bergoglio đến từ Argentina được bầu làm Giáo hoàng - trở thành vị giáo hoàng đầu tiên đến từ châu Mỹ.
Mật nghị không nhất thiết phải ở Rome (tuy là hầu như luôn luôn như vậy)
Kể từ sau khi chủ nghĩa Tây phương kết thúc, mọi mật nghị đều diễn ra ở La Mã. Nhưng một lần ngoại lệ xảy ra vào năm 1799 đến 1800. Sau sự ra đi của Giáo hoàng Pius VI - người từng bị bắt làm tù binh trong cuộc Cách mạng Pháp và bị lưu đày sang Pháp. Bởi vì người Pháp xâm lược Rome, nên Đại học Hồng y đã họp ở Venice dưới sự bảo vệ của Áo.
Trong khi ở đó, Giáo hoàng Pius VII, mặc dù ban đầu hợp tác với Hoàng đế Napoleon I, nhưng cũng bị bỏ tù vào năm 1809. Ngài đã không giành được tự do hoàn toàn cho đến khi Napoleon sụp đổ khỏi quyền lực 5 năm sau đó.